Nuo 2009 metų gimnazija dalyvauja eTwinning projektų veiklose. Vienas iš svarbiausių programos „eTwinning“ elementų yra mokytojų, mokinių, mokyklų, tėvų ir vietos valdžios institucijų bendradarbiavimas.
Obelių gimnazijoje nuo 2013 metų vykdoma Olweus patyčių prevencijos programa. Jos tikslas - kurti saugią aplinką gimnazijoje.
Gimnazijoje nuo 2018 metų vykdomas projektas „Bendrojo ugdymo ir organizavimo modelių sukūrimas ir išbandymas bendrajame ugdyme“ (projekto kodas Nr.09.2.1.-ESFA-V-726-04-0001) „Informatika pradiniame ugdyme“ 2.2. veikloje „Pradinio ugdymo informatikos programos rengimas, išbandymas ir diegimas“. Projekto tikslas - tobulinti mokytojų skaitmeninei ir profesinei kompetencijai, ugdyti pradinių klasių mokinių informatikos gebėjimus.
Nuo 2019 metų gimnazija dalyvauja projekto „Bendrojo ugdymo turinio ir organizavimo modelių sukūrimas ir išbandymas bendrajame ugdyme“(projekto kodas Nr.09.2.1-ESFA-V-726-04-0001) 1.3 veikloje „Ugdymo organizavimo ir mokymosi pagalbos teikimo modelių žemų mokinių pasiekimų gerinimui parengimas ir įgyvendinimas“. Veiklos tikslas: išgryninti pagrindines mokinių žemų pasiekimų priežastis, parengti ugdymo organizavimo ir mokymosi pagalbos teikimo modelius mokinių pasiekimams gerinti.
