Pirmoji mokykla Obeliuose pradėjo veikti 1777 m.

Tačiau tik nuo 1946 metų tapo vidurine mokykla. 2000 m. mokyklai leista vykdyti profilinį mokymą. 2007 m. vidurinė mokykla tapo gimnazija. Gimnazijoje mokiniai turi galimybę įgyti pagrindinį, vidurinį ir nuo 2014 m. – pradinį išsilavinimą. Mokykla turi neformaliojo švietimo skyrių, kuris iš Obelių vaikų globos namų nuo 2018 m. spalio 1 d. perkeltas į Obelių gimnazijos patalpas. Gimnaziją lanko Obelių miesto, priemiesčio ir aplinkinių kaimų – Aleksandravėlės, Antanašės, Gediškių, Bučiūnų, Pakriaunių, Zarinkiškio, Stasiūnų, Kriaunių – vaikai. 2021 m. rugsėjo 1 d. duomenimis gimnazijoje mokosi 184 mokiniai, suformuota 12 klasių komplektų. Vidutinis mokinių skaičius klasėje – 15,33.

Yra galimybės taikyti modernius mokymo ir mokymosi metodus, nes visose klasėse sumontuoti projektoriai arba televizoriai, mokytojai gali naudoti ugdymo reikmėms interaktyvias Promethean lentas ir ActivInspire aplinkos išteklius. Gimnazijoje dirba visų mokomųjų dalykų specialistai, turintys aukštąjį išsilavinimą. Mokytojai kasmet tobulina savo žinias kvalifikaciniuose renginiuose.

Gimnazija didžiuojasi projektų veiklos rezultatais.

Nuo 2015 m. įdiegta ir vykdoma tarptautinės OLWEUS patyčių prevencijos programos kokybės užtikrinimo sistema (OPKUS). Gimnazijos bendruomenės nariai įgijo žinių apie patyčių prevenciją. Nuo 2017 m. gruodžio 15 d. iki 2019 m. gruodžio 15 d. užbaigtas dvejus metus vykęs projektas Europos Sąjungos struktūrinių fondų lėšų bendrai finansuojamo projekto Nr. 09.2.1-ESFA-K-728-01-0055 „Mokau(si). Taikau. Dalinuosi“, kurio rezultatas – pagerinti matematikos pasiekimai. Nuo 2016 m. vykdomas Rokiškio rajono savivaldybės visuomenės sveikatos rėmimo specialiosios programos projektas ,,Gera savijauta kasdien “. Nuo 2016 m. vykdoma vaikų vasaros poilsio programa „Obels žiedo kelionė“.

Nuo 2017 m. vykdomas Lietuvos vaikų ir jaunimo centro projektas – keliaujanti gyvenimo įgūdžių ugdymo stovykla ,,Voratinklis“, Nuo 2018 m. rugsėjo 1 d. iki 2019 m. rugpjūčio 31 d. vykdomas projekto Nr. 09.2.1-ESFA-V-726-04-0001 „Bendrojo ugdymo ir organizavimo modelių sukūrimas ir išbandymas bendrajame ugdyme“ veiklos „Informatika pradiniame ugdyme“ įgyvendinimas. Nuo 2018 m. vykdoma Specialiosios pedagogikos ir psichologijos centro prevencinė programa ,,Saugok ir gerbk mane“.

Nuo 2019 m. vykdoma „Ankstyvosios intervencijos” programa. Nuo 2020 m. vykdomas projektas Nr. 09.2.1-ESFA-V-726-04-0001 „Bendrojo ugdymo turinio ir organizavimo modelių sukūrimas ir išbandymas bendrajame ugdyme“ 1.3 veiklos „Ugdymo organizavimo ir mokymosi pagalbos teikimo modelių žemų mokinių pasiekimų gerinimui parengimas ir įgyvendinimas“ veiklos.

2020 m. Įvyko Erasmus+ projektas su partneriais iš Švedijos Rudbeckianska gimnazija, mūsų mokyklos mokiniai savaitę bendravę su mokiniais iš Švedijos gilino anglų kalbos žinias, tobulino bendravimo ir bendradarbiavimo įgūdžius.

2020 m. vyko projektas su Čekijos Havirov-Podlesi Mladeznicka mokykla, šios mokyklos mokytojos 5 dienas trukusio vizito tikslas – pasidalinti patirtimi apie šiuolaikines ugdymo(si) technologijas ir inovatyvių mokymo(si) metodų taikymą pamokose. Gimnazijoje aktyvi pilietinė, kultūrinė veikla. Vykdant mokyklos misiją ugdyti aktyvų, kūrybišką, savarankišką, pilietišką žmogų, diegiant bendradarbiavimo, atsakomybės, lyderystės vertybes, gimnazijoje organizuojamos veiklos, į kurias įtraukiamos Obelių seniūnijos įstaigos, bendruomenė ir socialiniai partneriai.

Mokinių pilietiškumas ugdomas dalyvaujant Rokiškio r. vietos veiklos grupės inicijuotoje Mykolo Römerio įamžinimo iniciatyvoje. 2019 m. vykdytos šios veiklos: gimnazistai dalyvavo Rokiškio r. VVG inicijuotoje talkoje Bagdoniškio dvaro sodyboje, mokykla – viena iš „Susitikimo-diskusijos apie kraštietį profesorių Mykolą Römerį ir jo atminimo žymenis“ rengėjų, Lietuvos istorijos instituto profesorius Rimantas Miknys vedė ekskursiją mokiniams po Vilnių „Mykolo Römerio pėdsakais“, pravestos pilietiškumo pamokos visų klasių mokiniams Bagdoniškio kaime, Obelių bažnyčioje ir kapinėse. 2020 m. gimnazija buvo viena iš renginių, skirtų Mykolo Römerio 140-osioms gimimo metinėms paminėti, organizatorių (parengė meninę programos dalį atidengiant koplytstulpį, viešino savo veiklas eksponuodama informacinį stendą „Mykolo Rӧmerio atminimo įamžinimo iniciatyvos Obelių gimnazijoje“ Rokiškio r. savivaldybės J.Keliuočio viešojoje bibliotekoje vykusioje konferencijoje „Rokiškio krašto atminties kultūros akiračiai: Mykolas Rӧmeris ir Rӧmerių giminė“).

Mokyklos pasididžiavimas – tradiciniai renginiai, kuriuose dalyvauja per 80 proc. mokyklos bendruomenės. Tai kultūrinė, pažintinė, meninė diena antrą rugsėjo šeštadienį, kuri yra tradicinės miesto šventės „Obelinė“ dalis. Ši diena organizuojama įtraukiant visą mokyklos bendruomenę, bendradarbiaujant su Obelių seniūnijos įstaigomis, šiai dienai mokiniai ruošiasi visus metus ir parodo savo išradingumą, demonstruoja talentus, meninius gebėjimus, Advento vakaras, į kurį kviečiami aplinkinių bendruomenių atstovai ir kolektyvai, gegužės mėnesį vyksta Neformaliojo švietimo skyriaus mokinių koncertas, skirtas Šeimos dienai ir tarptautinis vaikų ir jaunimo festivalis-konkursas „Obels žiedo giesmė“.